L'argent est parti sur le compte du salarié, la paie a versé le salaire entier, et la caisse ne paiera pas deux fois. Reste le fondement de la reprise, et sa limite.
La somme se récupère auprès du salarié, pas auprès de la caisse. L'article R. 323-11 du code de la Sécurité sociale ouvre cette voie et en fixe le plafond : l'employeur est fondé à poursuivre auprès de l'assuré le recouvrement de la somme correspondant aux indemnités journalières, dans la limite du salaire maintenu sur la même période. En revanche, la façon de reprendre l'argent relève du code du travail, et les textes n'y disent pas tous la même chose. Aucun ne vous autorise clairement à retenir la somme sur un bulletin sans l'accord du salarié. Un accord écrit, avec échéancier et décompte de la caisse à l'appui, sécurise l'opération.
Le versement des indemnités à l'entreprise n'a rien d'automatique. Il porte un nom, la subrogation, c'est-à-dire le fait que la caisse vous verse à vous les indemnités du salarié, puisque vous lui avez déjà payé son salaire. C'est une option, demandée au signalement d'arrêt de travail en DSN, avec des dates de début et de fin et l'IBAN de l'entreprise. L'Assurance Maladie pose deux conditions : un salaire maintenu, en totalité ou en partie, et au moins égal aux indemnités dues sur la même période.
La date de fin réserve le plus de surprises : elle correspond au terme de la durée maximale de maintien prévue par votre convention collective, pas à la fin de l'arrêt transmis par le salarié. L'Assurance Maladie prévient qu'une erreur de dates envoie les indemnités au salarié et déclenche une notification de créance.
| Situation | Qui encaisse | Suite à donner |
|---|---|---|
| Maintien suffisant, subrogation demandée sur les bonnes dates | L'entreprise | Rapprocher les versements du bordereau de paiement |
| Maintien suffisant, subrogation absente ou dates trop courtes | Le salarié | Recouvrement auprès du salarié, plafonné au salaire maintenu |
| Maintien inférieur aux IJSS | Le salarié | Même voie, visée par R. 323-11 |
| Jours de carence, ou fin du maintien de salaire | Le salarié | Rien à reprendre |
Après avoir posé la subrogation de plein droit lorsque le maintien couvre au moins les indemnités, l'article R. 323-11 ajoute : « Dans les autres cas, l'employeur est seulement fondé à poursuivre auprès de l'assuré le recouvrement de la somme correspondant aux indemnités journalières, dans la limite du salaire maintenu pendant la même période. » Le débiteur y est nommé, et le plafond avec lui.
La logique tient à un adjectif. Le maintien légal de l'article L. 1226-1 du code du travail est une indemnité complémentaire aux IJSS, et les maintiens conventionnels sont rédigés sous déduction de celles-ci. Encaisser les deux revient donc à percevoir plus que ce que la convention promet, sans faute de personne.
Sur la façon de reprendre, le terrain est moins ferme. La Cour de cassation traite un trop-versé de salaire comme une avance que vous auriez consentie au salarié. Conséquence pratique : vous ne pouvez en retenir qu'un dixième du salaire à chaque paie, en application de l'article L. 3251-3 du code du travail. D'autres praticiens appliquent plutôt le barème utilisé pour les saisies sur salaire, celui de l'article L. 3252-2, qui varie selon la rémunération et les personnes à charge. Aucune des deux lectures n'autorise à tout reprendre sur un bulletin. Ce qui est certain : la récupération se règle avec le salarié, elle s'étale, et un écrit doit nommer la période, le montant, sa source et l'échéancier.
Faute de subrogation, les indemnités ne sont jamais passées par l'entreprise et n'ont pas à figurer dans les éléments du net du bulletin. Reprendre en brut sur une paie ou encaisser en net hors paie ne produit pas les mêmes effets sur les cotisations et le net imposable : ce choix se fixe avec le gestionnaire de paie avant d'annoncer un chiffre. Les cotisations santé et prévoyance quand le bulletin tombe à zéro suivent une autre logique.
L'incident renvoie à l'architecture. Les indemnités journalières forment le premier étage, le maintien conventionnel le deuxième, le contrat de prévoyance collective le troisième, derrière une franchise, c'est-à-dire un nombre de jours d'arrêt avant que ses prestations démarrent. Ses prestations se calculent sous déduction des IJSS quel que soit le compte qui les a encaissées : l'erreur de destinataire complique le rapprochement sans déplacer la charge de l'assureur. Le point à vérifier est la jointure. Si le maintien conventionnel cesse au soixantième jour et que la franchise court jusqu'au quatre-vingt-dixième, le salarié traverse un mois avec les seules indemnités journalières, et la subrogation déclarée en DSN doit s'arrêter là. C'est le premier chiffre que nous regardons sur un arrêt long, un exercice que les nouvelles règles applicables aux arrêts de travail en 2026 rendent plus fréquent.
Le paramétrage se recontrôle à chaque nouvel arrêt long. C'est un point que nous reprenons avec les équipes paie de nos clients aussi longtemps que le contrat vit, parce qu'il ne se règle jamais une fois pour toutes.
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Elle ne verse pas deux fois la même indemnité. Un point mérite tout de même d'être vérifié avant de solliciter votre salarié : si la subrogation avait bien été demandée, sur les bonnes dates et avec le bon IBAN, et que les indemnités sont malgré tout parties chez l'assuré, l'anomalie se situe côté liquidation et se traite directement avec la caisse. Contactez la caisse primaire du salarié en joignant le signalement d'arrêt de travail transmis. Dans les autres situations, la voie de récupération passe par le salarié.
La subrogation de plein droit suppose que le salaire maintenu soit au moins égal au montant des indemnités dues sur la même période, et l'Assurance Maladie en fait l'une de ses deux conditions d'ouverture. Un maintien plus faible ferme donc cette porte. L'article R. 323-11 traite précisément cette hypothèse en ouvrant l'autre voie, le recouvrement auprès de l'assuré, plafonné au salaire maintenu. Vous ne récupérez ainsi jamais plus que ce que vous avez versé, le surplus revenant au salarié.
Il n'y a plus de salaire sur lequel étaler quoi que ce soit, ni de solde de tout compte si celui-ci est déjà réglé. La demande se formalise alors par écrit, décompte de la caisse à l'appui, puis se porte devant le conseil de prud'hommes à défaut d'accord. L'horloge tourne pendant ce temps : votre demande de remboursement, que le code appelle l'action en répétition du salaire, se prescrit par trois ans à compter du jour où vous avez connu ou auriez dû connaître les faits, en application de l'article L. 3245-1 du code du travail.
Les textes invoqués ne conduisent pas au même résultat. La Cour de cassation a jugé en 2011 qu'un trop-versé de salaire s'analyse en avance en espèces, ce qui limite les retenues successives au dixième des salaires exigibles, en application de l'article L. 3251-3 du code du travail. D'autres praticiens appliquent la fraction saisissable de l'article L. 3252-2, dont le barème dépend de la rémunération et des personnes à charge. Retenir la plus protectrice des deux et la faire figurer dans l'accord signé est la position la plus sûre. Le rythme peut toujours être accéléré si le salarié rembourse de lui-même.
Le bordereau de paiement des indemnités journalières, disponible sur net-entreprises pour les entreprises adhérentes au service d'attestation de salaire en ligne, ne concerne que les employeurs subrogés. Quand les indemnités sont parties chez le salarié, c'est son décompte d'indemnités journalières, accessible dans son compte ameli, qui fait foi. Demandez-le-lui avant d'annoncer un chiffre : les indemnités sont réglées tous les quatorze jours en moyenne, et le total se reconstitue rarement de mémoire.
Sources
Textes : article R. 323-11 du code de la Sécurité sociale ; L. 1226-1, D. 1226-1, L. 3251-3, L. 3252-2 et L. 3245-1 du code du travail ; Cass. soc., 3 novembre 2011, n° 10-16.660 ; Ameli, subrogation et attestation de salaire ; net-entreprises.fr.
Pour aller plus loin : l'absentéisme en entreprise en 2026 et notre page prévoyance collective.
Cette page fait partie de nos réponses aux questions des employeurs.
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