Arrêts de travail : ce qui change pour l'employeur au 1er septembre 2026

Ce que change le décret n° 2026-498 : la cadence de prescription

Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 plafonne la durée d'un arrêt de travail à 31 jours pour une prescription initiale et à 62 jours pour une prolongation. Le médecin généraliste, la sage-femme ou le chirurgien-dentiste peuvent déroger à ce plafond en justifiant, sur la prescription elle-même, une durée plus longue au regard de l'état du patient et des recommandations de la Haute Autorité de santé lorsqu'elles existent.

Concrètement, le décret encadre la cadence de prescription, pas la durée totale d'indemnisation. Quand le plafond de 31 ou 62 jours est atteint, le prescripteur peut re-prescrire un nouvel arrêt. Les indemnités journalières de la Sécurité sociale ne sont pas coupées mécaniquement.

Renouvellement au-delà de trois mois : rôle du contrôle médical

Le décret n° 2026-499 du 12 juin 2026 fixe à trois mois la durée de renouvellement d'un même arrêt à partir de laquelle le prescripteur peut solliciter l'avis du service du contrôle médical de l'Assurance maladie. L'objectif est un pilotage plus fin des arrêts longs, sans automaticité de sanction ni interruption des IJSS pour le salarié.

Ce que ça implique côté RH

Pour l'employeur, l'impact direct de ces deux textes est essentiellement organisationnel : les arrêts longs donneront lieu à des réévaluations médicales plus fréquentes, et les échanges avec l'Assurance maladie sur les cas complexes vont s'intensifier. Le contrat de prévoyance collective n'est pas mécaniquement recalibré par ces décrets.

À ne pas confondre avec le plafonnement AT/MP à quatre ans, prévu par l'article 81 de la LFSS 2026 et applicable aux sinistres survenus à compter du 1er janvier 2027. Ce dernier concerne les indemnités des accidents du travail et maladies professionnelles, une mécanique distincte, à fort impact contractuel, que nous analysons dans notre dossier dédié à la prévoyance collective 2026-2027.

Ces règles renforcent le pilotage des arrêts au quotidien, sans modifier la structure des garanties. C'est un bon moment pour vérifier que votre suivi RH et votre contrat collectif sont calibrés sur la sinistralité réelle de votre entreprise. Voir aussi notre analyse du coût et du pilotage de l'absentéisme en 2026 pour cadrer les indicateurs à suivre.