Le salaire, les indemnités de la caisse et la prestation de l'assureur se croisent sur le même bulletin, sans jouer au même titre.
Vous payez les heures travaillées, et la loi ne vous demande rien de plus. Sur la partie non travaillée, l'Assurance maladie verse des indemnités journalières, à condition que le médecin traitant ait prescrit la reprise et que vous ayez donné votre accord sur les horaires. Le maintien de salaire que vous versiez pendant l'arrêt, lui, s'arrête au retour : le contrat de travail n'est plus suspendu, votre salarié a repris. Votre contrat de prévoyance peut compléter l'ensemble, mais cela relève de sa rédaction et non de la loi. Certains contrats poursuivent leur versement, d'autres s'arrêtent le jour du retour.
Un temps partiel thérapeutique est une reprise à horaires réduits, décidée pour des raisons de santé et non d'organisation. Le médecin traitant la prescrit. Le médecin du travail dit à quelles conditions le poste peut l'accueillir. Le médecin-conseil, qui apprécie les droits du salarié pour le compte de la caisse, en évalue la durée.
Vous, vous vous prononcez sur les horaires : l'Assurance maladie pose deux conditions à son versement, une prescription du médecin traitant et un aménagement négocié avec l'employeur. Aucun texte ne fixe la répartition des heures, et le temps travaillé va de 20 % à 80 % d'un temps plein.
Une règle a changé. Jusqu'en 2018, la reprise devait suivre immédiatement un arrêt à temps complet indemnisé. La loi de financement de la Sécurité sociale pour 2019 a supprimé cette exigence de l'article L. 323-3 du code de la Sécurité sociale. Depuis fin décembre 2018, un salarié qui n'a jamais cessé de travailler peut donc passer en temps partiel thérapeutique, et les formulaires de l'Assurance maladie distinguent les deux cas : avec arrêt initial, sans arrêt initial.
| Ce qui tombe sur le mois | Qui le verse | À quel titre |
|---|---|---|
| Le salaire des heures faites | Vous | La contrepartie du travail réellement fourni |
| Les indemnités journalières | L'Assurance maladie | La compensation de la perte de gain sur les heures non faites |
| Le complément de prévoyance | Votre organisme assureur | Une prestation contractuelle, si la notice la prévoit dans ce cas |
La caisse, elle, raisonne en perte de gain : chaque mois, vous lui adressez une attestation portant le brut versé et le brut perdu. L'indemnité se calcule là-dessus, sans jamais dépasser celle d'un arrêt complet. Si vous êtes subrogé, si la caisse vous rembourse les indemnités que vous avez avancées, la récupération suit ses propres règles. Une limite encadre le tout : l'indemnité de la caisse ne peut pas dépasser la perte de gain que la réduction d'activité fait subir à votre salarié. Le plafond du salaire normal des travailleurs de la même catégorie, c'est-à-dire de ce que gagnent les salariés qui occupent le même type de poste, ne vaut plus, lui, que pour les arrêts d'origine professionnelle.
Reste la question qui revient le plus en paie : le maintien de salaire prévu par votre convention collective continue-t-il ? Pas de lui-même. Pour la Cour de cassation, le salarié en temps partiel thérapeutique a repris le travail et son contrat n'est plus suspendu : les clauses écrites pour la maladie ne couvrent pas la fraction non travaillée. Certaines conventions comblent l'écart. Ouvrez la vôtre avant de trancher.
La prévoyance ne suit pas la loi sur ce point, mais sa propre rédaction. Tout se joue dans deux clauses de votre notice, et elles ne sont pas au même endroit. La première dit quand le versement s'arrête : beaucoup de notices le font cesser à la reprise du travail. Le régime de prévoyance du bâtiment ajoute une réserve, « sauf à temps partiel pour raison médicale ». Sans ces sept mots, la prestation tombe le jour du retour. La seconde aligne l'assureur sur la caisse : quand celle-ci s'arrête, le contrat s'arrête avec elle.
Le contrat n'étant pas suspendu, les cotisations se prélèvent normalement, mais sur un salaire réduit. Les indemnités de la caisse ne sont pas du salaire. Elles restent hors de l'assiette, la base sur laquelle le taux s'applique, et ne supportent que la CSG et la CRDS. Rien à voir avec un arrêt long payé zéro euro.
Cette assiette rétrécie commande la suite. Vos garanties décès et invalidité se calculent sur un salaire de référence, en général le brut des mois qui précèdent. Une année de temps partiel fait donc baisser un capital décès. Les notices reconstituent parfois cette base pour les périodes d'arrêt de travail, mais un temps partiel n'en est pas un : c'est la phrase à faire écrire dans votre contrat de prévoyance collective. Si la reprise ne tient pas et que la caisse classe votre salarié en invalidité, c'est un autre régime qui prend le relais.
Une reprise progressive dure des mois, rarement des semaines. Le cabinet accompagne ces dossiers sur toute leur durée : rédaction à faire corriger, base de calcul à surveiller d'une échéance à l'autre.
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Votre notice décide de tout ici. Nous cherchons dedans à quel moment l'assureur cesse de payer, s'il se cale ou non sur la Sécurité sociale, et quel salaire il retiendra demain pour le décès et l'invalidité. Vous repartez en sachant ce que votre salarié touchera vraiment pendant sa reprise.
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Oui, si le rythme demandé est incompatible avec le fonctionnement de l'entreprise. L'Assurance maladie le dit sans détour sur sa fiche destinée aux assurés. Le refus se motive sur l'organisation : la taille de l'équipe, la continuité du poste, les impératifs de sécurité. Jamais sur l'état de santé, qui est un motif de décision interdit. Répondez par écrit, et renvoyez le dossier au médecin du travail plutôt que de le clore. Il peut proposer une autre répartition des heures, un aménagement du poste ou une affectation temporaire qui lève l'obstacle. Un refus opposé sans examen, ou reconduit sans explication, se défend mal si votre salarié le conteste ensuite.
Les heures travaillées, et rien d'autre. La Cour de cassation a tranché exactement ce cas : un salarié resté en mi-temps thérapeutique après l'arrêt de la prise en charge ne peut pas réclamer le salaire des périodes non travaillées. Cette fin de versement n'a d'ailleurs rien d'anormal, puisque la caisse ne prolonge que d'un an au plus la durée d'indemnisation déjà ouverte au titre de la maladie. Ne laissez pas la situation s'installer pour autant : l'aménagement doit être réexaminé avec le médecin du travail. Soit votre salarié revient à temps complet, soit le passage à temps partiel devient définitif. Il se formalise alors par un avenant au contrat de travail.
Elle l'est après un arrêt d'au moins soixante jours pour une maladie ou un accident sans lien avec le travail. Le seuil descend à trente jours pour un accident du travail, et disparaît pour une maladie professionnelle, quelle que soit la durée de l'arrêt. C'est à vous de la demander, le médecin du travail l'organise, et elle a lieu dans les huit jours qui suivent le retour effectif. Depuis un décret du 12 juin 2026, cette visite tombe dans un cas : si votre salarié a passé une visite de préreprise dans les trente jours précédant son retour et que le médecin du travail a conclu qu'aucun aménagement n'était nécessaire. Vous, le salarié ou le médecin pouvez toujours la demander malgré tout. Une reprise à temps partiel sans arrêt préalable n'en déclenche aucune. Sollicitez tout de même le médecin du travail : c'est lui qui fixe les aménagements du poste, et son avis est ce qui sécurise le retour.
Non, et le calcul se fait souvent à l'envers dans les logiciels de paie. Le salaire à retenir est celui perçu avant le temps partiel thérapeutique et avant l'arrêt qui l'a éventuellement précédé. La Cour de cassation l'a jugé pour l'indemnité compensatrice de préavis comme pour l'indemnité versée en cas de licenciement sans cause réelle et sérieuse. Elle retient la même logique pour l'indemnité légale ou conventionnelle de licenciement, dont l'assiette est celle des douze ou des trois derniers mois précédant la reprise à temps partiel. Le fondement est l'interdiction de traiter un salarié moins favorablement en raison de son état de santé.
Le vocabulaire d'abord : le code parle alors de reprise d'un travail léger, autorisée par le médecin traitant et reconnue par le médecin-conseil comme favorisant la guérison, ou la stabilisation de son état, ce que le code appelle la consolidation. La caisse verse une indemnité journalière au titre du risque professionnel. Le cumul avec le salaire reste plafonné au salaire normal des travailleurs de la même catégorie professionnelle, ou au salaire ayant servi de base à l'indemnité s'il est plus élevé. Une particularité utile : un retour à temps complet n'interdit pas un travail léger autorisé plus tard. Côté déclaration, l'attestation mensuelle demande le brut perçu et le brut perdu sur la période, sans les trois mois de salaires antérieurs exigés en maladie lorsqu'il n'y a pas eu d'arrêt initial.
Sources
Textes : article L. 323-3 du code de la Sécurité sociale, modifié par l'article 50 de la loi de financement pour 2019, et article L. 433-1 pour le travail léger. Assurance Maladie : formalités de l'employeur, déclaration avec ou sans arrêt initial, reprise après un arrêt maladie. Cass. soc., 21 mars 2007 et 8 février 2023 ; Cass. soc., 12 juin 2024. Notice du régime de prévoyance BTP.
Pour aller plus loin : les nouvelles règles des arrêts de travail en 2026 et changer d'assureur avec des salariés en arrêt.
Cette page fait partie de nos réponses aux questions des employeurs.
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