Arrêts de travail : ce qui change pour l'employeur depuis le 1er septembre 2026

Trente et un jours, soixante-deux jours : la nouvelle cadence de prescription

Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 insère un article R. 162-1-7-1 dans le code de la sécurité sociale. La durée d'un arrêt de travail pour maladie prescrit par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme y est plafonnée à trente et un jours pour une première prescription et à soixante-deux jours pour une prolongation.

Ce plafond porte sur la durée d'une prescription, pas sur la durée totale de l'absence. À l'échéance des trente et un ou des soixante-deux jours, le praticien peut établir une nouvelle prescription si l'état de santé le justifie. Les indemnités journalières versées par la Sécurité sociale ne s'arrêtent donc pas d'elles-mêmes à la trente-deuxième journée : ce qui change, c'est la fréquence des actes, pas le droit à indemnisation.

La dérogation est prévue par la loi elle-même. Les praticiens peuvent dépasser le plafond lorsqu'ils justifient, sur la prescription, la nécessité d'une durée plus longue au regard de la situation du patient, en considération des recommandations de la Haute Autorité de santé. L'arrêt long reste donc possible : il devient motivé.

La date qui compte est celle de l'établissement de la prescription. Les plafonds visent les prescriptions et les prolongations établies à compter du 1er septembre 2026 : un arrêt de trois mois délivré le 28 août reste valable jusqu'à son terme. Deux précisions utiles aux groupes multi-sites : le texte ne concerne que les arrêts pour maladie, et ces plafonds ne s'appliquent pas à Mayotte.

Trois mois de renouvellement : le seuil qui ouvre l'avis du contrôle médical

Le décret n° 2026-499 du 12 juin 2026 fixe à trois mois la durée de renouvellement d'un arrêt à partir de laquelle le prescripteur peut solliciter l'avis du service du contrôle médical, c'est-à-dire des médecins-conseils de l'Assurance maladie. La règle est posée dans un nouvel article D. 323-3-1 du code de la sécurité sociale pour le régime général, et dans un article D. 732-2-11 du code rural pour les salariés agricoles. Elle entre en vigueur, elle aussi, le 1er septembre 2026.

Le verbe compte : le prescripteur peut saisir. Ce seuil ouvre une faculté médicale, il ne déclenche ni contrôle automatique ni suspension des indemnités. Pour vous, l'effet est d'abord un repère de calendrier : sur un arrêt qui s'installe, le troisième mois devient le moment où un réexamen médical peut intervenir, avec des conséquences possibles sur la date de reprise ou sur l'orientation vers un temps partiel thérapeutique.

Ce canal ne vous appartient pas : vous ne saisissez pas le contrôle médical par ce biais, et la contre-visite organisée à l'initiative de l'employeur reste un dispositif distinct, avec ses propres conditions. Le même décret supprime par ailleurs la durée maximale de l'arrêt qu'une sage-femme peut prescrire lors d'une interruption volontaire de grossesse médicamenteuse, mesure sans portée RH pour la plupart des entreprises.

Visites de préreprise et de reprise : ce qui a déjà changé le 15 juin

Troisième texte du même jour, le décret n° 2026-503 du 12 juin 2026 touche au code du travail et s'applique déjà, aux arrêts délivrés à compter du 15 juin 2026. L'échéance de septembre a beaucoup circulé ; celle de juin, beaucoup moins.

Premier changement, l'information. Le médecin du travail vous informe désormais de l'organisation de la visite de préreprise, sauf si le salarié s'y oppose, là où vous ne receviez auparavant que ses recommandations. Vous savez donc qu'un dossier de maintien dans l'emploi s'ouvre, au lieu de le découvrir au retour.

Second changement, la dispense. La visite de reprise, cet examen qui s'impose au retour après les absences les plus longues et qu'il vous revient de déclencher, n'est plus requise lorsque deux conditions sont réunies en même temps : le salarié a bénéficié d'une visite de préreprise dans les trente jours précédant sa reprise effective, et le médecin du travail a conclu à cette occasion qu'aucune mesure individuelle d'aménagement, d'adaptation ou de transformation du poste ni aucun aménagement du temps de travail n'était nécessaire en vue de la reprise.

Cette dispense n'a rien d'automatique et elle ne vous dépossède pas. Elle tombe dès que le médecin du travail, le salarié ou vous-même demandez la visite. Deux réflexes en découlent : conserver la trace écrite des deux conditions dans le dossier du salarié, et décider à l'avance des situations dans lesquelles vous demanderez la visite malgré la dispense, par exemple sur un poste à risques ou après une absence de plusieurs mois. Quand la reprise se fait progressivement, la répartition des rôles est détaillée dans notre réponse sur le temps partiel thérapeutique et ce que verse chacun.

Ce que la paie, la subrogation et le contrat collectif doivent absorber

Le point sensible n'est pas le plafond, il est dans la règle qui l'accompagne. Depuis la loi de financement pour 2026, l'indemnisation d'une prolongation n'est maintenue que si celle-ci est prescrite par le médecin qui a établi l'arrêt initial, par le médecin traitant, par la sage-femme ou par le chirurgien-dentiste, sauf impossibilité dûment justifiée par l'assuré et dans les cas prévus par décret. Des prescriptions plus courtes signifient mécaniquement plus de prolongations, donc plus d'occasions qu'une prolongation soit signée par un autre praticien, un remplaçant ou un service d'urgence.

C'est là que l'argent fuit pour l'employeur qui pratique la subrogation, c'est-à-dire qui maintient le salaire et perçoit les indemnités journalières à la place du salarié : un refus d'indemnisation laisse l'avance à votre charge. Vérifier le nom du prescripteur sur chaque volet devient un geste de gestion, au même titre que le contrôle des dates. Nous détaillons la mécanique de récupération dans notre réponse sur les indemnités journalières versées directement au salarié. Le fonctionnement normal du dispositif, avant tout incident, est posé dans notre guide sur ce que l'employeur subrogé avance et récupère.

Un rythme administratif plus dense, à effectif constant

Chaque prescription produit un avis à recevoir, un signalement à émettre et un décompte à rapprocher. Un arrêt de six mois qui tenait en une ou deux pièces peut désormais en produire cinq. Le coût du risque ne bouge pas ; la charge du service paie et le délai de réaction, si.

Côté contrat, ni vos garanties ni vos cotisations ne sont touchées. Deux points méritent tout de même une relecture. La franchise, ce délai d'attente entre le début de l'arrêt et le premier versement de l'assureur, se décompte en jours d'arrêt, selon qu'elle est prévue continue ou discontinue : une nouvelle prescription ne la remet pas à zéro, mais la règle exacte se lit dans votre contrat, comme nous l'expliquons à propos du délai avant le premier versement de la prévoyance. La rédaction de votre maintien de salaire, ensuite, doit rester distincte de la garantie incapacité : cette frontière est l'un des terrains de redressement URSSAF les plus fréquents en protection sociale.

À distinguer du plafonnement des arrêts AT/MP

Un quatrième décret du 12 juin 2026 traite un tout autre risque. Le décret n° 2026-501 fixe à quatre ans la durée maximale de service des indemnités journalières dues au titre d'un accident du travail ou d'une maladie professionnelle, avec une reprise du travail d'au moins un an pour faire courir un nouveau délai, et vise les sinistres intervenus à compter du 1er janvier 2027. Autre risque, autre calendrier, impact contractuel bien plus lourd : ce volet se traite garantie par garantie, avec les échéances 2026-2027 qui touchent le contrat de prévoyance.

Quatre chantiers à boucler avant l'échéance de septembre

Aucun de ces textes n'appelle un avenant à votre contrat collectif. Tous appellent une vérification de vos circuits internes, et la fenêtre est courte.

Vient ensuite la question du coût réel de vos absences, qui se prépare avec des chiffres : nos repères sur l'absentéisme en entreprise et les indicateurs à suivre en 2026 donnent le cadre, et notre page prévoyance collaborateurs décrit la manière dont nous auditons un contrat avant son échéance anniversaire.