Subrogation, maintien de salaire et IJSS : qui paie quoi pendant l'arrêt d'un salarié

Qui paie quoi : l'Assurance maladie, l'employeur, puis l'assureur

Un arrêt de travail suspend le contrat, pas le besoin de revenu. Le code de la Sécurité sociale confie le premier étage à la caisse primaire, qui verse des indemnités journalières, les IJSS, en remplacement du salaire perdu. Le code du travail et votre convention collective posent le deuxième étage : l'indemnité complémentaire que vous versez, appelée maintien de salaire, qui s'ajoute aux IJSS pour approcher la rémunération habituelle. Le troisième étage est contractuel : votre régime de prévoyance collective prend le relais quand le maintien s'épuise, après une franchise, autrement dit le délai contractuel qui sépare le début de l'arrêt de sa première prestation, laquelle se calcule sous déduction des IJSS.

Chaque étage a ses propres conditions d'ouverture, sa carence et son plafond, et aucun ne s'aligne sur les autres. La Sécurité sociale retient trois jours de carence, le maintien légal en retient sept, votre convention collective peut n'en retenir aucun. Ces décalages produisent la plupart des incidents de paie : un maintien qui démarre trop tôt, une subrogation demandée sur de mauvaises dates, un contrat de prévoyance qui n'intervient qu'au quatre-vingt-onzième jour alors que le maintien conventionnel s'est arrêté au soixantième.

Le schéma reprend le cas d'un salarié payé 4 000 € brut par mois pendant les trente premiers jours indemnisés au taux légal de 90 %. Les IJSS, plafonnées, couvrent 1 289,10 € ; le complément à votre charge atteint 2 310,90 €, près des deux tiers du total. Pour un salaire de 2 000 € brut, la proportion s'inverse : 986,40 € d'IJSS pour 813,60 € de complément. Plus la rémunération dépasse le plafond, plus l'arrêt pèse sur l'entreprise, et plus le relais de la prévoyance compte. Le coût réel de l'absentéisme dans votre entreprise se lit d'abord dans cette proportion.

Ce que verse l'Assurance maladie, et dans quelles limites

Le salarié doit d'abord ouvrir des droits. Pour un arrêt de moins de six mois, il lui faut 150 heures de travail sur les trois mois précédents, ou des cotisations sur au moins 1 015 fois le SMIC horaire sur six mois. Au-delà de six mois d'arrêt, la condition monte à douze mois d'immatriculation et 600 heures, ou 2 030 SMIC horaires, sur l'année écoulée. C'est votre attestation de salaire, transmise par la DSN, la déclaration sociale nominative, qui permet à la caisse de vérifier ces droits et de calculer l'indemnité.

L'indemnité journalière vaut 50 % du salaire journalier de base, lui-même égal aux trois derniers salaires bruts divisés par 91,25. Le salaire retenu est plafonné à 1,4 SMIC, soit 2 613,82 € par mois en 2026 : au-delà, l'indemnité reste bloquée à 42,97 € brut par jour pour les arrêts prescrits depuis le 1er juillet 2026. Cette valeur suit chaque revalorisation du SMIC, et l'ancien plafond de 1,8 SMIC reste applicable aux arrêts débutés avant le 1er avril 2025. Ce que ce plafond abaissé déplace dans votre contrat est détaillé dans notre analyse des trois réformes de la prévoyance collective 2026-2027.

Le tableau se complète par le traitement social et le calendrier. Les IJSS supportent la CSG à 6,2 % et la CRDS à 0,5 %, prélevées à la source, et aucune cotisation sociale : 42,97 € brut deviennent 40,09 € versés. Et le versement intervient toutes les deux semaines en moyenne, une fois l'attestation reçue : entre la paie que vous avez déjà réglée et l'indemnité qui arrive, l'entreprise porte le décalage.

Vous devez enfin connaître la durée d'indemnisation : elle borne ce que la subrogation vous rembourse. Vous partez d'un plafond de 360 indemnités journalières sur trois ans, ou de trois ans pour une affection de longue durée, au sens de l'article L. 324-1 du code de la Sécurité sociale. Avec le décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026, vous distinguez deux cas : l'affection dite exonérante, où la participation du salarié à ses frais de soins est limitée ou supprimée, garde ces trois ans ; l'affection non exonérante passe à un an. Dans les deux cas, comptez un nouveau délai de trois ans ou d'un an, selon l'affection, après une reprise du travail d'un an. Retenez le champ de la nouvelle durée : les arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026, et ceux en cours au 15 octobre dont l'incapacité atteint six mois à compter de cette date. Pour un salarié déjà reconnu en affection de longue durée non exonérante au 15 octobre 2026, gardez le décompte sur trois ans. Ce que votre contrat de prévoyance verse encore après la dernière IJSS se lit dans sa garantie incapacité : nous détaillons les clauses à relire dans notre article sur l'ALD non exonérante et la prévoyance.

Le maintien de salaire : le socle légal, puis votre convention collective

Le code du travail ouvre l'indemnité complémentaire à tout salarié qui compte un an d'ancienneté au premier jour de l'absence, a justifié son arrêt sous quarante-huit heures et est pris en charge par la Sécurité sociale. Le barème est réglementaire : 90 % de la rémunération brute qu'il aurait perçue pendant trente jours, puis les deux tiers sur les trente jours suivants, chaque tranche s'allongeant de dix jours par période de cinq ans d'ancienneté, sans dépasser quatre-vingt-dix jours chacune. Un délai de carence de sept jours s'applique à chaque arrêt maladie, aucun en cas d'accident du travail ou de maladie professionnelle. Depuis le 27 juin 2026, ce maintien légal n'est plus dû lorsque l'employeur a été informé d'une fraude avérée du salarié pour obtenir ses indemnités journalières.

Le décompte se fait sur douze mois glissants : les jours déjà indemnisés au cours des douze derniers mois réduisent la durée disponible pour l'arrêt suivant. Et l'indemnité se calcule sous déduction des IJSS et de la part des prestations de prévoyance financée par l'employeur : la loi garantit un niveau de ressources, pas un cumul.

Ce socle est souvent dépassé par la convention collective, qui peut supprimer la carence, porter le maintien à 100 %, l'étendre sur plusieurs mois ou l'ouvrir avant un an d'ancienneté. La suppression de la carence n'est pas générale pour autant : selon la Dares, le service statistique du ministère du Travail, en 2024, 45 % des entreprises de dix salariés ou plus du secteur privé non agricole, qui emploient 66 % des salariés de ce périmètre, déclarent indemniser tout ou partie des trois jours de carence appliqués par la Sécurité sociale, et 81 % de celles de 500 salariés ou plus. Deux fois sur trois, cette prise en charge repose sur un accord de branche ou sur la convention collective. C'est donc votre texte de branche qui fixe la règle réelle. La lecture qui coûte le plus cher est celle du brut et du net. Un maintien rédigé « 100 % du net » tient compte du fait que les IJSS ne supportent pas de cotisations sociales ; un maintien « 90 % du brut » sous déduction des IJSS brutes aboutit à un net différent. Quand la paie applique l'un en croyant appliquer l'autre, le salarié en arrêt peut percevoir davantage qu'en activité, et cet écart se retrouve, à l'échéance suivante, dans le compte de résultat de votre contrat de prévoyance.

La subrogation : encaisser les IJSS pour le compte du salarié

Sans subrogation, le salarié reçoit les indemnités de la caisse et vous ne réglez que le complément : la paie doit alors reconstituer chaque mois un montant qui ne transite pas par ses comptes. Subroger, c'est encaisser les IJSS au lieu du salarié dont le salaire a déjà été réglé : vous versez le salaire maintenu en totalité et la caisse vous rembourse sa part. L'Assurance maladie pose deux exigences : que le salaire soit maintenu, totalement ou partiellement, et que ce maintien atteigne au moins le montant des indemnités journalières de la période. Le même geste ne produit pas partout le même effet : subroger l'indemnité du congé supplémentaire de naissance ne la transforme pas en maintien de salaire, et ne rend donc pas obligatoire le maintien de la mutuelle.

La demande se fait dans le signalement d'arrêt DSN, avec l'IBAN de l'entreprise et deux dates. La date de début est celle de l'arrêt. La date de fin n'est pas celle de l'arrêt prescrit : c'est la borne maximale du maintien que fixe votre convention collective, six mois par exemple, même si l'arrêt initial ne dure qu'une semaine. Une prolongation ne déclenche pas de nouveau signalement tant que cette date maximale n'est pas atteinte. En cas d'erreur, la caisse paie le salarié et vous notifie une créance ; la façon de récupérer des IJSS versées au salarié par erreur fait l'objet d'une réponse dédiée.

Les indemnités vous parviennent ensuite à un rythme moyen de deux semaines, nettes de CSG et de CRDS, accompagnées d'un bordereau de paiement au format XML, le BPIJ, que la paie rapproche du salaire maintenu. Pour les entreprises qui ne subrogent pas, l'attestation de salaire transmise par signalement DSN doit partir dans les cinq jours suivant la connaissance de l'arrêt.

Depuis le 1er septembre 2026, des arrêts prescrits pour des durées plus courtes se prolongent plus souvent, et la caisse n'indemnise une prolongation que si elle émane du médecin traitant, du prescripteur de l'arrêt initial ou, dans leur champ, de la sage-femme et du chirurgien-dentiste, hors impossibilité justifiée par le salarié. L'employeur subrogé a déjà réglé le salaire quand la caisse tranche : la prolongation refusée reste à sa charge. La règle et le geste de paie qui la neutralise sont décrits dans notre article sur les arrêts de travail : ce qui change pour l'employeur au 1er septembre 2026.

Quand l'assureur prévoyance prend le relais : ce que vous reversez et ce qui cotise

Une fois écoulée sa franchise, la période que le contrat laisse sans prestation, l'organisme de prévoyance verse des indemnités journalières complémentaires, les IJ de prévoyance. Votre contrat dit s'il les règle à l'entreprise, qui les reporte alors sur le bulletin, ou directement au salarié : aucun texte ne tranche ce point, il se lit dans le contrat et sa convention de gestion. Quand vous les encaissez, la paie doit décider si elle reverse la somme entière ou seulement ce qui dépasse le maintien déjà payé.

Vous tranchez selon le régime de maintien qui court sur la même période. Pour le maintien légal, l'article D. 1226-5 du code du travail déduit de votre indemnité complémentaire les IJSS ainsi que les prestations de prévoyance, mais pour ces dernières seulement la part qui résulte de vos versements d'employeur : la fraction financée par la cotisation du salarié n'est pas retenue. Une convention collective peut organiser autre chose. Dans la branche SYNTEC, l'article 9.2 vous fait compléter les IJSS et les allocations versées le cas échéant par un régime de prévoyance, sans porter le salarié au-delà de ce qu'il aurait perçu, net de toute cotisation. Le montant à reverser se calcule donc sur le régime de maintien applicable, légal ou conventionnel, et sur les dates réelles de versement, jamais sur une règle unique.

Côté cotisations, l'URSSAF traite ces indemnités, hors rupture du contrat de travail, comme des revenus d'activité soumis aux cotisations et contributions de droit commun, au prorata du financement de l'employeur. À titre indicatif, si vous financez 50 % de la cotisation de prévoyance, la moitié des IJ versées supporte les cotisations sociales ainsi que les contributions CSG et CRDS, aux taux de 9,20 % et 0,50 % indiqués par l'URSSAF ; la part financée par le salarié n'en supporte aucune.

Ces indemnités comptent aussi dans la réduction générale, cet allègement patronal calculé en rapportant la rémunération au SMIC. Pour proratiser le SMIC de référence d'un mois d'absence, le BOSS, recueil officiel où l'administration publie sa doctrine sur les cotisations sociales, écarte les IJSS versées par subrogation mais retient les IJ complémentaires que vous financez en tout ou partie, même versées par un organisme complémentaire (§ 790). Vérifiez que votre logiciel de paie les intègre à ce prorata.

Les points de jonction que nous reprenons avec votre service paie

Les situations ci-dessous concentrent l'essentiel des écarts constatés sur les arrêts longs ; chacune renvoie à la réponse détaillée que le site lui consacre.

Ajoutez une jonction sur vos arrêts longs : la fin des IJSS après un an au plus pour une affection non exonérante. En paie, reprenez les subrogations et maintiens en cours : au-delà d'un an, la caisse ne vous verse plus d'IJSS, et votre convention collective est à relire si le maintien s'y calcule sous déduction des IJSS. Sur votre contrat de prévoyance, relisez avec votre courtier, avant qu'un arrêt atteigne un an, la garantie incapacité servie en complément ou sous déduction des IJSS : seule sa rédaction dit ce qu'elle verse une fois celles-ci arrêtées.

Aucun de ces réglages ne se fige à la signature du contrat. Ils bougent avec chaque avenant de branche, chaque revalorisation du plafond et chaque changement de logiciel de paie. Nous les recontrôlons avec les services paie chez nos clients à chaque arrêt qui dépasse le maintien conventionnel, parce que c'est à cette jointure que le coût d'un arrêt dérape.